FPは、国家資格になったとはいえ、独占業務が認められているわけではありませんから、両者の資格に関しても、認定している団体の違いと呼び名の違いがある以外、業務の内容に明確な違いはないといえます。 それぞれの資格について最大の違いは、ライセンスの維持に費用がかかるかどうかと、資格取得後に更新があるかないか、という点でしょう。
国家資格であるFP技能士は、資格の登録や維持に関して一切お金はかかりませんし、更新もありません。
一方、日本FP協会のFP資格は、登録時に1万円の入会金が必要で、その後も1年間に12,000円（CFPは20,000円）の会費がかかります。また、2年ごとに更新が義務付けられており、更新するためには所定の継続教育要件を満たさなければなりません。
これはつまり、「継続して勉強しておかないと資格の更新を認めませんよ」ということで、放ったらかしにしておくと2年間でライセンスが剥奪されることを意味します。更新は、FPとして常に知識のメンテナンスを行っていることの品質証明とも言えるでしょう。
FP協会に登録すると、「FPジャーナル」という100ページ程度の会報誌が毎月送られてきたり、Web上の会員専用ページでも有益な情報が得られたり、定期的なセミナーや催し物の開催があったりするので、業界の動きなどを常に感じることができます。
継続教育というと大変そうに聞こえるかもしれませんが、全国各地で日々開催されるセミナーなどから自分の興味のあるものを受講したり、上記の会報誌に掲載されている継続教育用の問題を解いたりすることで十分に満たすことができます。
ちなみに、日本FP協会に登録するためにはAFP（Affiliated Financial Planner）の認定を受ける必要がありますが、それはイコール「2級技能士の試験に合格している」ことになりますので、2級FP技能士として登録することができます。つまり、１つの試験に合格することで、AFPの資格と2級技能士の資格は同時に得ることができるというわけです。
なお、日本FP協会の上級資格であるCFP（Certified Financial Planner）は、AFP資格者しか受検することができませんし、合格後に所定の研修を受けなければ登録することができません。
CFP認定者は、1級技能士の学科試験が免除され、実技試験に合格すれば1級技能士になれます。
FP技能士と日本FP協会の資格について、どちらがいいということはありませんが、大きな傾向としては、「FPを仕事として考えて活用されている方」は日本FP協会に登録されているケースが多いですね。
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